1，我有两段序列，一段是基因组提取出来的CDS序列，一段是PCR出来的测序的序列，我们需要将它们比对，看看有没有碱基的变化。这时候就需要用到Bioedit软件了。首先，将两端待比对的序列，放到记事本中，要fasta格式，做个例子，如下：
2，选中全部，CTRL+C，先复制。再打开Bioedit软件，File>New Alignment，再File>Import FromClipboard，就出来这样的画面了。
3，再选中两条序列，点Accessory Application的ClustalW Multiplealignment。
4，弹出这样一个界面，勾选后，点击Run ClustalW，再点OK。
5，点一下那个按钮，相同碱基的就会变成点，不同的碱基就会显示出来，和CDS序列比对，PCR测序的序列发生了两个点突变。有时候测序的序列需要反向互补，则选中序列，用“ctrl+shift+R”，如果要翻译序列则是“ctrl+T”。
6，最后，感谢我美丽的吴师姐教导~
#命运石之门~