纽约曼哈顿：
曼哈顿图：
曼哈顿图（Manhattan plot）是一种常用于基因组关联分析（GWAS）结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。
曼哈顿图以染色体上的位置为横轴，统计显著性（通常是负对数P值或-log10(P值)）为纵轴。每个SNP（单核苷酸多态性）或基因位点在曼哈顿图上用一个点或标记表示。通常，颜色或形状不同的点用于表示不同的染色体。
通过在曼哈顿图上显示每个SNP的关联结果，可以直观地观察基因组中与表型相关的遗传变异。在曼哈顿图上，显著性的SNP会形成突出的峰值，而无关的SNP则会呈现平坦的分布。这有助于快速识别与感兴趣表型相关的基因区域。
曼哈顿图是一种常见且直观的GWAS结果可视化方式，使研究人员能够快速识别和定位与复杂疾病或其他表型特征相关的基因变异。
实例：
怎么看：
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横轴表示染色体上的位置：曼哈顿图的横轴代表基因组的染色体位置，通常以染色体上的物理位置或基因编号表示。不同的染色体在横轴上有不同的刻度。
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纵轴表示统计显著性：曼哈顿图的纵轴表示统计显著性，通常使用负对数P值（-log10(P值)）或其他表示显著性的指标。较高的纵轴数值表示较显著的关联。
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突出的峰值表示显著的SNP：曼哈顿图中的突出峰值表示与表型相关的显著SNP。这些峰值通常表示具有较低P值的SNP，即与表型相关的遗传变异。
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颜色或标记表示染色体：为了区分不同的染色体，曼哈顿图通常使用不同颜色或标记来表示不同的染色体。这有助于快速识别染色体上的关联区域。
当观察曼哈顿图时，你可以注意以下几点：
- 寻找突出的峰值：注意那些在纵轴上较高的突出峰值，它们表示与表型相关的显著SNP。
- 定位感兴趣的基因区域：根据染色体位置，可以确定与感兴趣表型相关的基因区域。这些区域可能包含一些潜在的候选基因。
- 比较不同的实验组：如果你有多个实验组的曼哈顿图，可以比较它们之间的差异，观察是否存在共享的关联区域或特定组别的关联模式。