1.确定你的目标区域,这里我想PCR来确认我的gRNA是否工作。
所以我需要check我的gRNA在genome上的binding,这是我CRISPick设计的gRNA序列:AGTCGTAGGAGAGTAGGTAC
2. ucsc genome browser,BLAT,browse result,查看YourSeq。
zoom in,查看是否存在NGG的PAM序列,往左3-4个base则是CRISPR Cut的位点;
shift drag to select 200-250 bases,有200bp的scale来确定序列长度;
View - DNA - get DNA
确保DNA序列在100-300bp之间。
确定gRNA的RT序列在提取的DNA中间。
3. go to Primer3Plus website
paste DNA sequence
target parameter: 125,1
确保RT序列在两个primers之间。
4. 去IDT里订购primer序列
参考:
- /Users/zhixinli/Dropbox (Partners HealthCare)/LI-LAB-v0/Materials/Cloning