001、
bwa mem -t 4 -k 32 -M -R "@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name" reference.fna sm.clean.1.fastq.gz sm.clean.2.fastq.gz | samtools view -Sb - > sm.bam
mem：mem比对算法
-t：指定线程数
-k： ？？？
-M：
-R：
管道后接samtools：
-S：表示读入文件为sam格式
-b：表示输出文件为bam格式
。