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wgcna这是啥

发布时间 2023-06-19 23:26:38作者: 黑逍逍

WGCNA（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis）加权基因共表达网络分析

Gene：基因

Genome：基因组

 

思想：

将基因表达数据转化为基因共表达网络，其中每个基因是网络中的一个节点，而基因之间的共表达关系则用边连接。

WGCNA根据基因之间的共表达模式将基因划分为不同的模块，每个模块代表一组具有相似表达模式的基因。

这种方法能够帮助识别具有相似功能或参与相似生物过程的基因群集，并探索基因模块与生物学特征之间的关联

步骤：

  1. 数据预处理：对原始基因表达数据进行质量控制、标准化和筛选。
  2. 构建共表达网络：根据基因表达数据计算基因之间的相关性，并将相关性转换为相似性度量。
  3. 模块检测：通过聚类算法（如层次聚类）将基因分组为具有相似表达模式的模块。
  4. 模块与外部信息的关联分析：将模块与外部信息（如生物学特征、临床数据等）进行关联分析，以揭示模块与特定生物学过程或疾病状态之间的关联。
  5. 模块间关联分析：分析模块之间的相互关系，寻找高度相关的模块并探索它们之间的生物学意义。

相关概念：

  1. 基因共表达网络：基因共表达网络是一种描述基因之间相互关系的图形模型，其中节点代表基因，边表示基因之间的共表达关系。WGCNA通过计算基因间的相关性来构建基因共表达网络。

  2. 模块：模块是基因共表达网络中具有高度相互连接的基因集合。WGCNA通过聚类分析将基因划分为不同的模块，每个模块代表一组共表达的基因。

  3. 模块特征：模块特征是指与特定模块相关联的生物学特性或疾病。WGCNA可以通过寻找模块与外部信息（如表型数据）之间的关联来鉴定模块特征。

  4. 模块内部连通性：模块内部连通性是衡量模块内基因共表达关系紧密程度的指标。WGCNA使用内部连通性来鉴定具有高度共表达的基因集合，形成模块。

  5. 模块间连通性：模块间连通性是衡量不同模块之间相互连接的指标。WGCNA使用模块间连通性来鉴定具有相似共表达模式的模块，并探索模块之间的关系。

  6. 核心基因：核心基因是指在特定模块中具有重要功能或调控作用的基因。WGCNA可以通过计算基因在模块内部连通性和模块间连通性之间的重要性来鉴定核心基因。